Пунтус рано завершил игровую карьеру из-за травм и почти сразу начал тренерскую деятельность. Его путь начался в 1987 году в штабе минского «Спутника», а уже в 1991-м он возглавил столичный «Луч».
В дальнейшем Пунтус работал с рядом клубов, в том числе с якутским «Динамо», «Самотлором XXI» и командой «Рыбак» из села Стародубское. Поворотным моментом в карьере стало основание ФК БАТЭ в 1996 году, где он вместе с Анатолием Капским стоял у истоков будущего футбольного флагмана Беларуси. Под его руководством борисовчане прошли путь от второй лиги до элиты и дважды стали чемпионами страны (1999, 2002). Всего за девять лет у руля БАТЭ Пунтус завоевал семь медалей чемпионата.
С 2005 по 2008 годы тренировал МТЗ-РИПО, дважды выигрывая Кубок Беларуси и бронзу чемпионата. Параллельно в 1999-2005 годах возглавлял молодежную сборную страны, которую впервые в истории вывел в финальную часть чемпионата Европы (2004). В 2006-2007 годах занимал пост главного тренера национальной сборной.
После этого работал в «Динамо-Брест», «Смолевичах-СТИ», «Славии», «Белшине», «Торпедо-БелАЗ», «Нафтане» и «МЛ Витебск». В 2020 году привел жодинцев к бронзе чемпионата. Всего на высшем уровне Юрий Пунтус провел рекордные 718 матчей и пять раз признавался лучшим тренером страны (1999, 2000, 2002, 2003, 2004).
Весной 2022 года он открыл собственную детскую футбольную школу — «ФШ Юрия Пунтуса».
Сегодня Пунтус является членом Исполкома АБФФ.
Редакция bel.football желает Юрию Иосифовичу крепкого здоровья и долгих лет жизни!
